Het doorhalen van een handelsvergunning kan problemen veroorzaken met de beschikbaarheid van geneesmiddelen. Redenen voor doorhaling kunnen van economische aard zijn, maar ook kan de balans tussen werkzaamheid en bijwerkingen van een geneesmiddel na verloop van tijd negatief uitvallen en dan wordt het geneesmiddel uit de handel genomen. Ook schaarste aan grondstoffen kan een rol spelen bij de beschikbaarheid, evenals het niet kunnen voldoen van de fabrikant aan de kwaliteitseisen van de daartoe bevoegde autoriteit.