Cheilognathopalatoschisis is de bekendste congenitale afwijking in het craniofaciale gebied. Daarnaast zijn er vele andere congenitale afwijkingen in dit gebied die worden geduid als craniofaciale anomalieën. De anomalieën kunnen onderdeel zijn van een syndroom met een zeer grote variatie in verschijningsvorm. Een deel van de syndromen wordt gekenmerkt door hypoplasie van de mandibula of door hypoplasie van de maxilla en de orbitae, vaak in combinatie met een te vroege sluiting van de schedelsuturen. Ook posttraumatische afwijkingen en defecten na resectie van tumoren worden gerekend tot de craniofaciale anomalieën. De zorg voor patiënten met deze afwijkingen is zeer complex en georganiseerd in een multidisciplinair craniofaciaalteam. Craniofaciale anomalieën die met distractieosteogenese kunnen worden behandeld, zijn onder andere hypoplasie van de mandibula door hemifaciale microsomie of ankylose van het kaakgewricht en hypoplasie van het middengezicht in combinatie met craniosynostose.