Niet-dentogene cysten komen weinig voor. Van de in 1982 in een proefschrift beschreven 18 niet-dentogene cysten worden er tegenwoordig nog maar 2 tot die groep gerekend: de cyste van de ductus nasopalatinus en de nasolabiale cyste. De overige niet met dentogeen epitheel beklede cysten zijn in andere groepen ondergebracht, zoals de hals- en de neusbijholtencysten. In de algemene praktijk zal de cyste van de ductus nasopalatinus het meest worden gezien als een zwelling van het palatum juist achter de beide centrale incisieven. De zeldzamere nasolabiale cyste kenmerkt zich door een zwelling naast de neusvleugel. De behandeling van beide cysten is chirurgische verwijdering via een intraorale benadering. Met uitzondering van de mucosale antrumcyste wordt in alle gevallen van het vermoeden van een niet-dentogene cyste verwijzing naar een kaakchirurg geadviseerd ter bevestiging van de diagnose.