Antimicrobiële middelen worden bij de behandeling van parodontitis aanbevolen; soms zelf om de mechanische supra- en subgingivale tand- en pocketdesinfectie te ondersteunen. Talloze onderzoeken tonen aan dat zowel de lokaal geappliceerde middelen als de systemisch toegediende antibiotica op korte termijn een bijkomend klinisch effect hebben. Op langere termijn (> 5 jaar) echter dient hun meerwaarde op zijn minst ter discussie gesteld te worden.